Σκοπός του είναι η τεκμηρίωση και η έρευνα της μουσικής των Επτανήσων σε όλες τις μορφές της (έντεχνη, δημώδης, εξωαστική, εκκλησιαστική), καθώς και γενικότερα η προβολή της έντεχνης μουσικής του ελληνισμού των νεωτέρων χρόνων.
Οι παραπάνω στόχοι υλοποιούνται με την πληροφοριακή υποστήριξη ερευνητών, τη διοργάνωση ανοικτών συνεδρίων, ημερίδων και ομιλιών, την κυκλοφορία ηλεκτρονικών και έντυπων εκδόσεων, την πραγματοποίηση εκπαιδευτικών δράσεων εντός και εκτός του Μουσείου και την οργάνωση συναυλιών με ρεπερτόριο συναφές προς τους ανωτέρω σκοπούς.
Επίσης, έχει ήδη ξεκινήσει η κατάρτιση τεκμηριωτικού αρχείου με τη μορφή ηλεκτρονικών βάσεων δεδομένων (κατάλογοι, ευρετήρια, ηχητικά αρχεία κλπ). Τέλος, θα διοργανώνονται δωρεάν ανοικτά επιμορφωτικά σεμινάρια απόκτησης επάρκειας στον τομέα της ιστορικής τεκμηρίωσης και έρευνας της μουσικής.
Οι δομές υποστήριξης των ερευνητών βρίσκονται ήδη σε λειτουργία. Επίσης, το 2017 (με την ευκαιρία του επετειακού έτους Σαμάρα, Ξύνδα, Παδοβάνη) έχει προγραμματιστεί ημερίδα σχετική με την έρευνα και τις πηγές της μουσικής των Επτανήσων (λεπτομέρειες θα ακολουθήσουν).
Η δραστηριοποίηση του Τμήματος Τεκμηρίωσης της Παλαιάς Φιλαρμονικής συνδέεται άμεσα με την προ μηνών απόκτηση από το Μουσείο Μουσικής της ιδιότητας ενεργού μέλους της Διεθνούς Ενώσεως Μουσικών Βιβλιοθηκών,
Αρχείων και Κέντρων Τεκμηρίωσης [International Association of Music Libraries, Archives and Documentation Centres (IAML)].
To Μουσείο Μουσικής είναι εξάλλου ιδρυτικό μέλος του ελληνικού τμήματος της IAML.
